Les programmes de formation en cours d’emploi, élaborés par les établissements de formation maritime, comportent des stages de perfectionnement et de mise à niveau destinés aux marins, cadres navigants à la pêche et personnels des industries de pêche et la préparation aux modules de spécialisation régis par l'arrêté ministériel 824.99 du 26 mai 1999.

Les formations en cours d’emploi sont définies annuellement selon les besoins de la profession et arrêtées d’un commun accord avec les chambres des pêches maritimes et les groupements de professionnels du secteur des pêches maritimes. Ces stages spécifiques touchent aux aspects techniques ou réglementaires, comme la maintenance des moteurs marins, la réglementation maritime, la sécurité de la navigation, la lutte contre la pollution marine, le traitement et la valorisation des produits de la mer, etc.

Par ailleurs, les modules de spécialisation peuvent être préparés séparément pour les marins en activité souhaitant une professionnalisation de leur métier, en vue de l'acquisition des certificats suivants:

• Frigoriste – Classificateur - Contrôleur de qualité  
• Sauvetage et secourisme – Sécurité et survie en mer
• Lutte contre l'incendie - Hygiène et premiers soins
• Maître d'équipage - Maître graisseur 
• Electricien de bord – Treuilliste Ramendeur 
• Utilisation des moyens de communication / UMC (AB - SMDSM) 
• Brevet de plongée - Brevet de plongée professionnelle 

Dans le cadre du Millenium Challenge Corporation (MCC), un programme spécial destiné aux marins pêcheurs artisans a été assuré par la Direction de la Formation Maritime et de la Promotion Socio- Professionnelle du Département de la Pêche Maritime, permettant d’acquérir les compétences requises pour l’exercice de leur métier et la prise en charge de la gestion des infrastructures mises à leur disposition dans les sites de pêche.

L’objectif de ce programme est de doter les bénéficiaires actifs au niveau de 11 PDA et de 12 ports de pêche artisanale de connaissances nécessaires leur permettant d’améliorer l’exploitation des équipements et des ressources et de renforcer les capacités des membres des coopératives de pêcheurs afin qu’ils participent dans le développement durable local, à travers des actions de formation en cours d’emploi et de vulgarisation.

L’exécution du plan de formation, s'est étalé d’octobre 2011 à juin 2013,  et a été basée sur le principe de la spécialisation en considérant trois catégories de marins pêcheurs :

• Marins pêcheurs artisanaux : 10 modules obligatoires ;
• Marins pêcheurs artisanaux pratiquant la collecte d’algues par plongée sous-marine : 1 module obligatoire ;
• Gestionnaires des coopératives de pêcheurs : 5 modules obligatoires.

Cette manière de faire facilitera la mesure de l’impact du projet sur le renforcement des capacités des populations cibles.

Les bénéficiaires ont été formés sur 15 modules couvrant 3 axes principaux :

• Axe socio- économique : regroupant l’ensemble des modules relatifs à l’organisation des pêcheurs ;
• Axe Pêche et machine : concernant les techniques de pêche, la préservation des ressources halieutiques : la protection du milieu marin et la sécurité en mer ; 
• Axe hygiène : qualité qui concerne les bonnes pratiques d’hygiène, la préservation de la qualité des captures et leur valorisation.